ההבדל משמעותי ועקרוני.
אחד העקרונות בהומיאופתיה הוא בחירת תרופה אישית למטופל על פי מכלול הסימפטומים והסימנים שהוא מציג. ואילו בבתי המרקחת נמכרים תרופות מדף לפי שם המחלה ולא בבחירה מותאמת לחולה. זו אינה הומיאופתיה קלאסית.
בכל תרופה כזו שנמכרת ללא תשאול מערבבים מספר תרופות הומיאופתיות ומציעים לחולה לקחת אותה מספר פעמים ביום. תרופה כזו יכולה להקל בבעיות מסוימות (כמו צינון, שפעת וכדומה) אולם אינה מתיימרת לרפא באופן עמוק את מכלול הבעיות.